如今，随着检测方式的发展，全自动酶标仪的功能也更加齐全，可检测吸光度(Abs)、荧光强度(FI)、时间分辨荧光(TRF)、荧光偏振(FP)、和化学发光(Lum)，可广泛地应用在临床检验、生物学研究、农业科学、食品和环境科学中，其基本工作原理与主要结构和光电比色计基本相同。从原理上可以分为光栅型酶标仪和滤光片型酶标仪。
随着技术的不断发展，全自动酶标仪在各行业应用不断扩大，特别是在食品行业，其中包括：
1、肉制品检测： 肉制品检测行业包括养殖厂、屠宰场、肉制品深加工企业等，酶标仪在这些行业的作用主要是检测瘦肉精(盐酸盐酸克伦特罗、莱克多巴胺、沙丁胺醇等)、抗生素等兽药残留。有些客户会把他叫做兽药残留检测仪。
2、粮油检测：不管是淀粉厂、面粉厂、粮油企业，还是粮食收购站、粮食储备库、粮库等，都离不开全自动酶标仪！在这些行业中，全自动酶标仪主要承担的任务是进行真菌毒素的检测，zui常检测真菌毒素是呕吐毒素。真菌毒素的检测按实验流程为：称量、加提取液、振荡混匀、离心或过滤，然后加样、洗板、孵育、加底物、加终止液，zui后由酶标仪读数，计算结果。根据实验流程，酶标仪配套的设备有天平、旋涡混合器、离心机、移液器、电热恒温培养箱以及真菌毒素试剂盒。
3、乳品检测：全自动酶标仪在乳品行业中主要是检测乳品中的。另外，还可以检测乳品中的违法添加剂—三聚氰胺。
4、水产品检测：全自动酶标仪在水产检测方面主要应用是检测氯霉素、孔雀石绿等抗生素。
除此之外，全自动酶标仪在农业上也有广泛的应用，包括：
在自然界中，无论是脊椎动物还是无脊椎动物(包括昆虫)、植物或微生物，酚氧化酶在其生命过程中都发挥着重要作用。在昆虫体内，它对昆虫的变态发育和免疫系统起着重要作用。酚氧化酶催化完成的“醌鞣化”作用可以促进昆虫表皮的硬化与黑化，这个过程对于具有“外骨骼”的昆虫生命过程至关重要。因此酚氧化酶抑制剂的研究正是为当今农药的发展提供了重要线索。那么采用何种、简便的的方法来研究酚氧化酶抑制剂对酚氧化酶的影响?我们可以运用酶标仪微量法来进行这方面的研究。例如以LDOPA为底物，采用酶标仪微量法研究了化合物2-羟基-4-甲氧基苯甲醛缩苯胺对酚氧化酶的影响。利用全自动酶标仪旨在为酚氧化酶研究提供更便捷的方法，也为开发以该酶为靶标的新型害虫控制剂提供理论依据。
